南京公积金每月最低缴纳2020元。根据南京市人力资源和社会保障局发布的《关于调整全市最低工资标准的通知》，提到了“月最低工资标准调整为2020元/月”的规定，所以住房公积金缴存基数最低不低于2020元。

2018年6月14日，南京市公积金官网发布了公积金缴存比例的最新消息，具体如下：1、延长阶段性适当降低企业住房公积金缴存比例政策的期限。南京市2016年出台的阶段性适当降低住房公积金缴存比例的政策，延长执行至2020年4月30日 。2、严格控制住房公积金缴存基数上限。南京市住房公积金缴存基数，最高不得超过南京市统计部门公布的 上一年度职工月平均工资的3倍。3、扩大住房公积金缴存比例浮动区间。南京市住房公积金缴存比例浮动区间调整为5%—12% 。单位设立住房公积账户时，单位可在住房公积金缴存比例5%—12%区间内自主选择。4、生产经营困难企业可以申请降低缴存比例或者暂缓缴存。企业缴存确有困难的，经本企业职工代表大会或工会讨论通过，并经南京住房公积金管理中心（分中心）审核后，可以降低缴存比例或者缓缴，待企业经济效益好转后，再提高缴存比例或者恢复缴存并补缴缓缴部分。 最低缴存比例不得低于5%。